Pod pojmem „režijní náklady“ chápeme například náklady na nájem kanceláří, energie, telefony, internet, spotřební materiál, kancelářské pomůcky a další. Prvotně je potřeba tyto náklady rozdělit na dvě skupiny – na ty, které je možné přiřadit přímo danému projektu a na ty, které jsou společné pro několik projektů. V prvním případě je jediným omezením rozpočet projektu a situace je poměrně jednoduchá. Druhý případ je častější a složitější. Režijní náklady jsou společné pro několik projektů. Pro lepší ilustraci příklad: realizujete dotační projekt s tzv. nepřímými náklady (náklady určené paušální sazbou, které nekontroluje poskytovatel dotace), ale mimo tento projekt realizujete další projekty/aktivity. Rozpočet nepřímých nákladů projektu by hypoteticky pokryl veškeré režijní náklady organizace – lze je ale celé nárokovat jednomu projektu? Bohužel ne. V případě kontroly, která by zahrnovala i nepřímé náklady (finanční úřad a jiné subjekty) musíte umět prokázat, že režijní náklady nárokované projektu splňují způsobilost nákladů – tedy hospodárnost, účelnost a efektivitu. Možnosti rozpočtu celkem logicky nejsou pádným argumentem. Na to, abyste tyto náklady byli schopní obhájit před případnou kontrolou, potřebujete metodiku rozdělování režijních nákladů. Může to být počet na projekt vyčleněných pracovníků, či poměr pracovních úvazků využívaných projektem vůči všem pracovníkům/úvazkům v organizaci. Často bývá jako měřítko využita výše přidělené dotace daného projektu vůči všem ostatním příjmům organizace (ale co když dotace nevyčerpáte na 100%, jak stanovit správný poměr?). Anebo poměr metrů čtverečních kanceláří využívaných daným projektem. Před stanovením metodiky doporučujeme vždy kalkulovat vliv na finanční zdraví organizace. Jen velmi těžko se podaří veškeré režijní náklady uplatnit do projektů, ale samozřejmě cílem je minimalizovat výši režijních nákladů, které zůstanou na vrub organizace.